Заповедник занимает более 1690 гектаров, из них - две трети покрыты водами озера Балеу.
Остальную площадь занимает пойма Прута. Всё это является естественной экологической лабораторией.
Заповедник состоит из водных пространств, суши, болот и непревзойдённого пейзажа обрывистых участков над поймой Днестра. Основной ценностью «Прутул де Жос» является древнее реликтовое озеро Балеу. Его протяжённость составляет около пяти километров, ширина до двух километров, а наибольшая глубина доходит до двух метров. Возраст древнего озера Балеу больше шести тысяч лет. Появилось оно ещё тогда, когда в Чёрном море была погружена большая часть дельты реки Дунай. В наши дни воды этого озера протекают через пару протоков и утекает она через ещё один проток.
Весной и летом, когда Прут с Дунаем разливаются и образуются паводки — вода в Балеу подымается, зависит уровень воды в озере от времени года.